Rock’n’Sobre #49 Le microbiote, cet écosystème en nous
Des milliards de microbes – bactéries, virus, champignons, protozoaires et archées – habitent notre corps. Ensemble, ils constituent le microbiote, un véritable écosystème vivant qui tapisse toute notre surface, et surtout nos intestins. Ce réseau microbien est indispensable à notre santé. Il s’agit d’un univers invisible que la science explore encore. Pour mieux le comprendre, nous avons rencontré deux expertes et un expert dans Rock’n’Sobre.
«Le microbiote, c’est un ensemble d’organismes étrangers, qui ne sont pas nos propres cellules, mais que l’on trouve à plein d’endroits dans le corps», rappelle la Professeure Laurence Genton Graf, médecin, responsable de l’Unité de nutrition aux HUG. Bactéries, mais aussi virus, levures, protozoaires, archées: ce «peuple» forme le microbiote. Et l’intestin est son grand centre urbain. Aurélia Weber, microbiologiste à l’Université de Genève et co-autrice du livre Microworld avec le Dr Perron, donne un ordre de grandeur qui fait tourner la tête: «On estime qu’on retrouve à peu près une centaine de milliards de bactéries dans un gramme de selles». Quant à leur nombre total ? Difficile de répondre avec précision nous répond Aurélia Weber. Les études récentes convergent vers une charge totale de l’ordre de quelques dizaines de billions (10¹³) de microbes, confirmant que le nombre de cellules microbiennes est comparable à celui des cellules humaines. La majorité des microbes (entre 60 et 80 %) se trouvent dans le côlon, tandis que la peau, la cavité buccale, les voies respiratoires et le vagin représentent le reste. Leur importance est telle, qu’aujourd’hui le microbiote est vu comme un «organe» à part entière.
Une “forêt”: l’image qui aide à comprendre
Pour raconter ce monde, les scientifiques reviennent souvent à une métaphore: celle de l’écosystème. Aurélia Weber le dit sans détour: «Parfois je compare ça à une grande forêt pour que les gens comprennent mieux». Dans cette forêt microscopique, les microbes interagissent en permanence. Certains coopèrent, d’autres se font concurrence pour les ressources. «Un écosystème est un environnement très dynamique, qui se caractérise par de nombreuses interactions entre les populations microbiennes, comme la compétition ou la coopération», précise la microbiologiste. Entre zones sèches, humides, exposées ou protégées, chaque zone du corps constitue d’ailleurs un environnement différent, avec une mosaïque de microclimats. Et à l’intérieur de ces mini écosystèmes, chacun de ces microbes aurait un rôle précis influençant notre santé et son équilibre.
Une longue histoire entre microbes et intestin
Si la cohabitation microbiote-humain se passe plutôt bien, il faut comprendre qu’elle est très ancienne. Les microbes sont apparus sur Terre bien avant les humains et autres espèces. Depuis des millions d’années, ils coexistent avec les organismes vivants. Chez l’être humain, le microbiote intestinal et le côlon ont évolué ensemble. «Et certaines caractéristiques du côlon ont favorisé l’établissement d’une forte densité microbienne dans cet organe», explique Aurélia Weber. Cette cohabitation ancienne explique pourquoi certaines bactéries sont devenues indispensables à notre santé.
Un rôle-clé: tenir les envahisseurs loin
Pendant longtemps, les microbes étaient surtout associés aux maladies. Aujourd’hui, on sait que beaucoup d’entre eux jouent un rôle essentiel. «Les interactions entre ces populations microbiennes contribuent à maintenir un certain équilibre» relate Aurélia Weber. Certaines bactéries jouent même un rôle protecteur et agissent comme une barrière naturelle contre les microbes dangereux: elles peuvent entrer en compétition avec des microbes pathogènes et limiter leur prolifération. «Les bactéries déjà présentes prennent de la place. Quand une autre bactérie veut venir, elle doit les déplacer», explique Jacques Schrenzel, médecin, spécialiste en maladies infectieuses et spécialiste en microbiologie clinique. «Donc clairement, ce sont nos alliées» reprend t-il.
Dans l’intestin, certaines bactéries participent par exemple à la digestion des fibres présentes dans les végétaux. « Les fibres sont des molécules que notre intestin ne peut pas digérer. Les bactéries vont les transformer en petites molécules que notre organisme peut ensuite utiliser », explique Aurélia Weber. Ces molécules contribuent notamment à nourrir la paroi intestinale et à réguler certaines fonctions du métabolisme et même envoyer des signaux à notre cerveau, notamment sur la sensation de satiété.
Ce que nous mangeons nourrit aussi notre microbiote
«Se nourrir, c’est aussi nourrir son microbiote », résume Laurence Genton Graf. Les études montrent qu’un régime méditerranéen – riche en fruits, légumes, légumineuses et céréales complètes – favorise une grande diversité de bactéries. Lorsque l’alimentation fournit des fibres, les bactéries les fermentent et produisent des acides gras à chaîne courte (AGCC). Ces AGCC ont notamment un effet anti inflammatoire. À l’inverse, les régimes pauvres en fibres ou riches en produits ultra-transformés peuvent appauvrir cet écosystème.
D’autres facteurs influencent notre microbiote, comme notre environnement. Vivre en zone rurale ou urbaine modifie la composition microbienne ; l’étude de Rothschild et al., Science 2018 a identifié des signatures distinctes liées à la densité de population et à la biodiversité locale.
L’exercice physique augmente la diversité et la consommation régulière d’aliments fermentés enrichit le microbiote. En effet, les aliments fermentés (yogourt, kéfir, choucroute, kimchi, miso, kombucha…) contiennent des bactéries qui transforment les sucres en lactate, un type d’acide organique. En consommant ces aliments régulièrement, on aide ces bactéries à se multiplier dans notre intestin. Le lactate sert de «nourriture» à d’autres bactéries bénéfiques, favorisant ainsi un microbiote plus équilibré.
Quand l’écosystème est perturbé
Mais parfois, il peut y avoir des problèmes dans cette cohabitation harmonieuse. « Quand des bactéries du tube digestif se mettent à sortir du tube digestif pour entrer dans la circulation sanguine, explique Jacques Schrenzel, ou quand ce petit monde de bactéries qui vit dans nos intestins échange du matériel génétique et des facteurs de résistance aux antibiotiques, cela devient inquiétant. »
Concernant les antibiotiques justement, il faut rappeler tout d’abord que s’ils sauvent des vies, ils ont aussi un prix : ils frappent souvent large et touchent le microbiote. « Parmi les effets secondaires, les bactéries de notre microbiote vont mourir en grande partie, » explique Jacques Schrenzel. Cette destruction massive crée un vide que les bactéries survivantes remplissent rapidement ; parmi elles, celles qui portent des gènes de résistance peuvent proliférer. Et le transfert de gènes au sein du microbiote favorise la diffusion de mécanismes de résistance, transformant une infection traitable en une menace difficile à éradiquer.
À l’échelle mondiale, chaque utilisation excessive ou inappropriée d’antibiotiques – que ce soit chez les patients, en médecine vétérinaire ou dans l’agriculture – alimente ce même processus. Les bactéries résistantes qui émergent dans le microbiote intestinal peuvent se propager à d’autres individus via l’environnement, les aliments ou les contacts directs, contribuant à la montée d’une crise sanitaire globale : les infections résistantes aux traitements standards deviennent de plus en plus fréquentes, augmentant la morbidité, la mortalité et les coûts de santé. Pour limiter ce problème global, les experts sensibilisent les professionnels et le grand public et insistent sur l’importance de ne pas consommer les antibiotiques comme des « bonbons ». Ils recommandent de les réserver aux infections graves où ils sont réellement nécessaires.
Mais, toujours concernant l’influence des antibiotiques sur le microbiote, le professeur Jacques Schrenzel rappelle que l’écosystème possède une certaine capacité de résilience. « C’est un peu comme un incendie de forêt » souligne-t-il. Même si l’on utilise des antibiotiques à large spectre qui détruisent massivement les bactéries intestinales, il reste toujours une petite fraction résiliente — les « graines » du microbiote — qui repeuplent lentement l’intestin après le traitement. Ainsi, la flore retrouve progressivement son équilibre, même si la composition initiale n’est pas toujours exactement la même et que le risque de résistance persiste.
Des pistes médicales prometteuses
La recherche sur le microbiote ouvre aussi de nouvelles perspectives en médecine. Aujourd’hui, l’une des applications les plus connues est la transplantation de microbiote fécal, qui ne se fait que dans un cas, précise Jacques Schrenzel :« dans le cas d’une maladie due à Clostridium difficile ». Et là, « il a été bien démontré que si on fait une greffe de microbiote au patient, le microbiote qui arrive, va en quelque sorte, recoloniser la forêt brûlée et va empêcher cette bactérie de se redévelopper. Et ça permet, dans l’immense majorité des cas, de guérir définitivement les patients. Ça, c’est l’indication qui est clairement reconnue et acceptée. Dans d’autres cas, on ne sait pas. »
Les chercheurs s’intéressent aussi à son rôle dans d’autres maladies, comme l’obésité ou certaines pathologies neurologiques. «Chez les souris, le transfert de selles d’un individu obèse induit la prise de poids et le contraire marche aussi; mais chez l’adulte humain, on n’arrive pas à ces résultats-là», précise Laurence Genton Graf.
Le microbiote pourrait même influencer l’efficacité de certains traitements contre le cancer. «Certains médicaments utilisés pour traiter le cancer sont modifiés ou leur effet est influencé par le microbiote», explique Jacques Schrenzel. «En modifiant le microbiote, on pourrait améliorer l’efficacité de certains traitements.»
Un univers encore plein de mystères
Malgré les avancées, les trois experts martèlent la même prudence : complexité et variabilité individuelle.
«Le monde des bactéries est extrêmement complexe… on ne sait pas encore très bien comment elles interagissent entre elles», souligne Laurence Genton Graf. Chaque individu possède en effet un microbiote unique, façonné par l’alimentation, l’environnement et son histoire personnelle.
Pour Jacques Schrenzel, une chose est certaine: «Il y a beaucoup de choses qu’on doit encore apprendre, mais il y a aussi beaucoup de possibilités». La recherche progresse rapidement, mais la personnalisation reste le défi majeur.
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Intervenant·es : Aurélia Weber, Laurence Genton Graf, Jacques Schrenzel
Journaliste : Karine Pollien
Production : Charles Menger, Alexis Raphaeloff
Réalisation : Léo
Crédit photo vignette : Karine Pollien
Crédit image fond : extrait livre Microworld Ed. Planète Santé
Première diffusion antenne : 2 mars 2026
Mise en ligne : Valérie
Publié le 10 mars 2026
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Ce programme a été réalisé avec le soutien de la Ville de Genève et du département du territoire, République et canton de Genève.
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